提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
中国驻摩洛哥大使出席2023摩洛哥“欢乐春节”启动仪式******
1月12日,2023摩洛哥“欢乐春节”启动仪式暨“十二生肖灯展”开幕式在卡萨布兰卡港口火车站拉开帷幕。中国驻摩洛哥大使李昌林出席仪式并致辞,拉巴特中国文化中心执行主任贾李斌、摩洛哥国家铁路局遗产保护部主任沙希德、各国人民友好协会主席阿马里、摩洛哥皇家武术协会主席阿卜杜拉拉赫曼,以及在摩中资机构代表、华人华侨等参加活动。
2023摩洛哥“欢乐春节”启动仪式现场李昌林在致辞中介绍了中国春节的重要意义和文化内涵,并表示,中摩两国友好交往源远流长,近年来双边关系步入发展快车道,政治、经贸、文化领域交流合作愈加密切、成果显著。在拉巴特中国文化中心、孔子学院和摩友好协会组织的不懈努力下,一系列丰富精彩的文化活动在摩各地举行,进一步加深了两国人民的友谊和相互理解,巩固了中摩开展务实合作的坚实基础。
李昌林致辞李昌林表示,到摩工作以来,曾出席拉巴特中国文化中心与梅克内斯大伊斯梅利亚协会共同举办的中秋诗会、梅克内斯国际旅游论坛以及中摩非遗巡回展等活动,还曾应邀同摩友人共进开斋饭。在与摩各界人士的交往中,他深刻感受到,中摩两国都拥有悠久历史,文化理念有不少相通之处,文化交流互鉴大有可为。中国驻摩使馆愿同各方密切协作,全力促进中摩民心相通,推动中摩战略伙伴关系持续深入发展。
李昌林同摩国家铁路局负责人共同为狮子点睛此次展览由中国文化和旅游部与中国驻摩洛哥大使馆主办、拉巴特中国文化中心与摩洛哥国家铁路局承办。2023摩洛哥“欢乐春节”系列活动将持续至2月下旬,在此期间将举办“十二生肖灯展”、“乡情国韵•非遗焕新”中国手工艺品展、“中非儿童国际漫画展”颁奖典礼、“中国电影周”等线下交流项目,并通过拉巴特中国文化中心社交媒体平台展播“安逸四川过大年”“秦时明月汉时关”丝绸之路图片展、“一起过节——青年汉学家新春祝福短视频活动”“千年调宋代人物画谱”“中国味道•宁夏之旅”等线上活动。
现场文艺演出及文化互动体验(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |